Santo Tomé (Portugués: São Tomé) es la capital de la isla homónima, del distrito de Agua Grande y del estado de Santo Tomé y Príncipe, en África Occidental. Se encuentra situada en la costa nordeste de la isla de Santo Tomé, en el Océano Atlántico, en la Bahía de Ana Chaves, en la que también se encuentra la Isla de Cabras.

La población de la ciudad es de 53.300 habitantes (2003).

La ciudad es el principal puerto del país, y concentra la exportación de cacao y plátanos. En la ciudad se encuentra también el Palacio Presidencial, un cine y dos mercados, una emisora de radio, un hospital, y un aeropuerto internacional. La ciudad de Santo Tomé es también el centro de la red de transportes y carreteras de la isla.

Fue fundada por los portugueses en 1485 y su centro se distribuye alrededor de la catedral del siglo XVI. De la misma época es el Fuerte de São Sebastião, construido en 1575 y que ahora alberga el Museo Nacional. En 1599, la ciudad fue tomada por los holandeses durante dos días y de nuevo en 1641, esta vez por un año. Ha venido siendo ininterrumpidamente la capital de Santo Tomé y Príncipe desde 1852.